狭義には、生態系の諸要素相互間で行われている循環的な物質の流れをさし、生物群集の代謝活動と食物連鎖が主な動力である。この循環は系外との物質交換量よりも大きく、また系自身の安定性と深く関係している。そのため、炭酸ガス循環など地球規模の問題や廃棄物の再利用に係わる都市の物質循環の問題などが近年クローズアップされている。