文化財保護法（1950年）に基づき、動物、植物、地質・鉱物、天然保護区域などで、学術上価値の高いものとして国が指定したもの。
動物の場合は生息地、繁殖地、渡来地を、植物の場合は自生地を、鉱物の場合は特異な自然現象を生じている土地を含めて指定される。国の天然記念物に指定されたものは、その後荒らされたり、傷つけられたりすることがないように、文化庁長官の許可がなければ、採集したり、樹木を伐採したりできないような規制がかけられる。